Ο Ιερός Ναός υπέστη σοβαρές υλικές ζημιές, από τον σεισμό της 21ης Ιουλίου του 2017.
Εγκρίθηκε από την Εφορεία Aρχαιοτήτων Δωδεκανήσου η μελέτη αποκατάστασης του Ι.Ν. Αγίου Ιωάννη Ναυκλήρου στην Αρχαία Αγορά της
Κω, σύμφωνα με τις επικαιροποιημένες Τεχνική Έκθεση και Στατική Μελέτη.
Ο Ναός χρονολογείται στις αρχές του 15ου αι. και ήταν αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη τον Πρόδρομο, προστάτη των Ιωαννίτων Ιπποτών. Το θέμα που κυριαρχεί το εσωτερικό του ναού, όπως η παράσταση αποκαλυπτικού οράματος στο τεταρτοσφαίριο της αψίδας πιθανώς να συνδέεται με τις δοξασίες που κυριαρχούσαν την κρίσιμη περίοδο στον χριστιανικό κόσμο για τον ερχομό του τέλους του κόσμου.
Μέχρι το 1861 ήταν ερειπωμένος όταν η κοινότητα της Κω αποφάσισε την συντήρησή του. Αργότερα και μετά τον σεισμό του 1933, διαπιστώθηκε ότι ήταν χτισμένος πάνω από το σημαντικό δίδυμο ιερό της Αφροδίτης. Έτσι, τον Ιούνιο του 1943 για να αποκαλυφθεί το ιερό, αποφασίστηκε η μεταφορά του σε ΒΔ τμήμα.
Το 1947 ο ναός αφιερώνεται από τον μητροπολίτη Κω, Εμμανουήλ Καρπαθίου, σε έναν νεομάρτυρα τα Κω, τον Άγιο Ιωάννη τον Ναύκληρο.
